| 項目 | 内容 | |
|---|---|---|
| 事業名 | 難治性疾患実用化研究事業 | |
| 研究課題名 | 未到達領域のロングリードジェノミクス：未解決症例の解明 | |
| 研究代表者名 | 松本直通 | |
| 研究代表者の所属機関名 | 公立大学法人横浜市立大学 | |
| 研究対象疾患名（または疾患領域） | 様々な気象遺伝性疾患 | |
| 研究のフェーズ | ゲノム・オミックス解析研究 | |
| 難病プラットフォームとの連携の有無 | あり | |
| 研究概要 | 様々な希少難治性疾患に対してその発症はどこでいつ起こるか予想がつかず共同研究施設の特定が困難なため、これまで4期にわたり運営してきた拠点班の流れを踏襲し全国から適宜解析依頼を受け付け、以下のゲノム解析を行う。 ショートリードシーケンスによる全エクソーム解析：新規症例に対して自施設で行い、病的SNV・CNVを明らかにする。横浜市大における全エクソーム解析の症例解明率は32.5%程度、全エクソーム解析で未解決症例の全ゲノム解析での更なる解明率は少なくとも7.6%上積みされ改善されることを確認しているが、全エクソーム解析のコストは全ゲノム解析のコストの1/2程度であり、この価格差の場合全ゲノム解析をいきなり行うことの経済的妥当性は全ゲノム解析の原因解明率が65%(全エクソーム解析の解明率32.5%の2倍)を達成できる場合にのみ、計算上担保される。よって全ゲノム解析での解決率が32.5+7.6=40.1%の現状で65%を大きく下回る状況においては、全エクソーム解析をまず先に行うことに、科学的妥当性がある。また現在公募されている第二期國土班（難病全ゲノム解析）では、希少難病への対応は困難（あらかじめ共同研究施設・病院を決めておく必要性があり、それらの病院からだけで希少難病症例の収集は困難）であるため本研究班独自のルートで症例を集積しショートリードの全エクソーム解析を行うキャパシティを有することは、多様な希少難治性疾患を対象としたゲノム解析を提供する上で極めて重要である。 第二期國土班と連携したショートリード全ゲノム解析：脊髄小脳変性症・筋萎縮性側索硬化症に関しては、（エントリー可能な場合は）共同研究施設からの症例を第二期国土班でショートリード全ゲノム解析を行う。 ロングリード全ゲノムシークエンスとオプティカルゲノムマッピング： 上記解析で病的異常が未同定例に対してロングリード全ゲノムシーケンスを用いてリピート伸長異常や構造異常（Structural Variation, SV）を網羅的に明らかにし、遺伝的原因を特定する。ロングリードシーケンスデータは、PacBio SMRT-linkのPBSVに加えて、独自に開発した正常対照に存在しないリピート構造異常を同定するTandem-Genotypes（Genome Biol 2019）や複雑な構造異常の切断端シーケンスを決定し全体構造を完全に決定するdnarrange (Genome Med 2020)等を用いてこれまで解析が困難であった特殊なゲノム領域やゲノム構造異常の解析を通じて疾患原因を明らかにする。SV解析にはロングリードシーケンスに加えて、詳細な物理地図作成を可能とするオプティカルゲノムマッピング技術も稼働させ、SV解析を強化する。ショートリード全エクソーム・全ゲノム解析後のロングリード全ゲノム/局所ゲノム解析・オプティカルゲノムマッピング解析の全ての技術をカバーし施行可能な点は、当研究班の最大の強みである。 新規バリアントの機能解析：必要に応じて、同定された新規バリアントのRNAレベル、タンパク質レベル、個体レベルの機能解析を行う。RNAレベルでは研究開発項目(2)でのトランスクリプトーム解析を行い、タンパク質レベルでは発現ベクターの一過性発現系による評価を行う。個体レベルでは、IRUD-beyondモデル動物等研究コーディネーティングネットワークとの連携や変異マウスの作出による機能解析等を検討する場合がある。 | |
| レジストリ情報 | ||
| レジストリ名 | YCUローカルレジストリー | |
| 対象疾患/指定難病告示番号 | ||
| 目標症例数 | 15000 例 | |
| 登録済み症例数 | 10000 例 | |
| 研究実施期間 | 2003年10月〜現在 | |
| 関連学会との連携の有無 | あり | |
| 学会名 | 日本人類遺伝学会 | |
| 難病プラットフォームとの連携の有無 | あり | |
| レジストリの目的 | 遺伝子解析研究 | |
| レジストリ保有者のPMDA面談経験の有無 | なし | |
| 臨床情報の調査項目 |
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| 調査項目 | ||
| 第三者機関からの二次利用申請可否 | 不可 | |
| レジストリの企業利用について | 企業が利用することについては、患者の同意を取得していない | |
| 二次利用申請を受けた場合の対応方法 | ||
| レジストリURL | ||
| バイオレポジトリ情報 | ||
| 生体試料の種類 | DNA;リンパ芽球 | |
| 生体試料の登録例数 | 10000 | |
| 外部からの使用申請の受け入れ可否 | 不可 | |
| 外部からの使用申請への対応 | ||
| 担当者連絡先 | ||
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